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老师,我在重新描述一下问题,mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对,数目不一样,是不同算法的不同结果是吗?做CIRCOS圈图时, 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗?我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。
KaKs
徐渴
2020-12-29 09:57
1
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老师,我在重新描述一下问题,mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对,数目不一样,是不同算法的不同结果是吗?做CIRCOS时, 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗?我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。
徐渴
2020-12-28 18:12
1
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3112
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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致,虽然用的都是70%同源性。这合理吗?如果用KAKS计算出的基因对做circos圈图合理吗?
KaKs
MCScanX
徐渴
2020-12-28 13:13
2
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1665
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老师好,想请教一下,如果拟搜索的家族是一个超家族,序列长度较长,比如图,463bp。用hmmsearch后,hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段,比如310~460的部分片段,但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选?如何建立自己的隐马科夫模型?谢谢
搜索结果的筛选
萝卜少少
2020-12-28 10:02
1
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1676
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计算串联重复时,满足两个大于75的标准,但是不在一条染色体上,也不属于片段重复(MCscanx结果显示)。请问这种情况属于什么重复方式?
tandem
omicsgene
2020-12-27 08:13
1
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2443
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5
物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些?
共线性分析
蔚。
2020-12-25 11:06
1
解决
1820
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10
s
比较基因组共线性
比较基因组学
比较基因组学作图
python版mcscan
匡卓然
2020-12-24 17:02
2
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3779
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GEOquery 下载不了数据
GEO
Dominic
2020-12-24 11:33
1
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1392
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老师您好,我根据课程步骤的指令,改不了文件的格式,我能找到format_fa_for_qiime.pl文件,还把它放到了操作的文件夹,但是电脑找不到这个文件,是什么原因呢
16S
小野猫
2020-12-24 11:32
1
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1582
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老师好,我按照课程输入指令后,没有更改文件格式,是哪里出问题了
16S多样性
2020-12-24 10:58
1
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1252
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老师,您好,微生物多样性分析课程里质控数据统计分汇总中的$scriptdir/qc_stat.qc脚本是样本名称吗,下载了公众号的文件,没找到scripts文件,这一步不知道怎么运行了
小野猫
2020-12-23 15:11
2
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1464
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5
老师,微生物多样性分析课程资料中没有找到scripts文件,微生物多样性分析中的质控数据统计除了用$scriptdir下的文件还可以用其他的吗?
2020-12-23 14:40
0
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1340
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你好,batch cd search 没有任何信息出来是因为什么呢
陈皮皮
2020-12-21 20:58
2
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多样性数据实操 OTU注释报错
qiime
16S
清风徐来
2020-12-20 10:32
0
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1376
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16s注释报错
微生物多样性数据实操
清风徐来
2020-12-20 10:28
2
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1378
浏览
Linux服务器上,运行提取结构域的脚本的时候,出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误,请问如何解决
哪有情可长
2020-12-19 21:30
0
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1514
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大家好,我想问一下,在转录组测序结果中FDR显示--是检测不出来还是其他的意思?
2020-12-19 17:28
1
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老师,请问在进行共线性分析时,出现ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.是什么原因呀?
草头芳呀
2020-12-18 22:18
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回答
16121
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测序数据质控中Q20、Q30是什么意思?包括合同中写的Q30大于80%。
Q30
Q20
红橙子
2020-12-18 12:32
0
回答
1548
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请教大家问题,做转录组分析,在做差异表达的时候,可不可以同时比较三个组
Iron
2020-12-18 11:20
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