5 使用allhic挂载染色体时,长度排序前十的超长contig只有一个挂载到group中,如何将这些未挂载的超长contig也绘制到heatmap图中

老师您好!我分析的物种是二倍体高杂合植物,11条染色体,hifiasm组装后长度大于60M的contig有11条,剩余绝大部分contig都在100Kb以下。无近缘物种基因组。

为了进一步组装染色体级别基因组,并查看组装是否有错误,用allhic进行了分析。得到的结果中,只有1个超长contig挂载到group中,其他超长contig并未挂载。

hic的数据质量不是太好,怎么能将其他超长contig也绘制到heatmap图中,看一下是组装错误还是挂载出错?

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谢谢!




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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能那些长的contig 就是一条染色体吧,你看看其他长的contig是不是这样的;

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  • 范兴科 提出于 2023-05-31 09:52

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