尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

回答问题即可获得 10 经验值，回答被采纳后即可获得 15 金币。

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \
    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

默认排序时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-05-27 12:59

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

样本ID不能超过10个字符，你仔细检查一下，简化自己的样本ID；

如果超过10个字符会自动截断到10个字符，可能导致ID重复，你打开phy文件看看吧