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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 5天前
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100 SMC++进行种群历史分析时所用的VCF是否需要LD过滤

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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3 进行bam文件排序时报错 killed

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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5 老师好，我在跟着课程实操时，运行gatk call snp时候，使用源代码也报错了，我用的镜像是课程里的v1.1的版本还请老师帮忙看看，谢谢了！

1 解决

15 老师好，我购买了咱们的群体研究，请问如何计算vcf文件中某段范围内的纯合基因型（GT）频率？

  • Iron 2023-07-15 17:46
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10 尊敬老师，根据重测序课程质控的时候，有的样本会killed，有的就不会，killed的输出结果文件也不是空的是什么问题呢？别的样本数据可以正常输出，这三个文件都特别大，双端测序总共能有20G，是不是数据太大，内存不够

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30 请问在重测序数据比对参考基因组时，参考基因组中除chr外还含有contig，是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了，对后续的变异检测有没有影响？

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10 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事

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5 老师好 请问基于Fst和Pi的选择清除 如何看哪些受选择区域是属于哪个群体的呢

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5 IBD分析问题

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6 vcf文件中染色体名字更换

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3 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤？

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15 老师，你讲的ssr引物设计，我按步奏为什么结果文件是空的

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5 为什么ssr引物设计结果为空

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5 诱变材料，且已自交 6 代，是否可用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

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10 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

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50 老师就BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的这个我还有点疑惑