5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

在用SURVIVOR进行多样本SV合并时,生成的合并vcf里只保留了两个样本的信息,命令如下SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 -1 -1 -1 group_merged.vcf,sample_file里包含manta和delly鉴定出来的SV

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能是格式问题导致合并出现错误吧;

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夏河

因为这两个工具的vcf有问题是吗,delly鉴定的SV是这样的,SVTYPE都是BND的,这是可以的吗,manta的vcf能跑通admixture,但是delly的不行。attachments-2024-04-DRHUjEPj66227de5df1b7.png

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  • 提出于 2024-04-14 13:38

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