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在群体遗传学的分析中，通常会计算核苷酸多样性。一般是以滑动窗格的形式展示的pi值，但是在文章里通常会展示一个整体的pi值，这个整体pi值通常是怎么计算呢？

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15 老师好，我购买了咱们的群体研究，请问如何计算vcf文件中某段范围内的纯合基因型（GT）频率？

  • Iron 2023-07-15 17:46
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如何通过GWAS的曼哈顿图结果筛选基因？

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测序reads和参考基因组进行map,参考基因组的fna扩展名的文件和fa扩展名的文件一样吗？需要转换吗？

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10 尊敬老师，根据重测序课程质控的时候，有的样本会killed，有的就不会，killed的输出结果文件也不是空的是什么问题呢？别的样本数据可以正常输出，这三个文件都特别大，双端测序总共能有20G，是不是数据太大，内存不够

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LD衰减分析

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30 请问在重测序数据比对参考基因组时，参考基因组中除chr外还含有contig，是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了，对后续的变异检测有没有影响？

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群体重测序, 进化树中如何添加外群?

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请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

  • 2023-05-31 11:03
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老师您好，我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析，已经组装好线粒体基因组，是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么？

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老师您好，我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析，已经组装好线粒体基因组，是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么？

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

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fastq.gz文件合并

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structure_plot.r 停止调用

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CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

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老师，请教一下，用gatk call g.vcf.gz格式的文件是，运行中断了，请问怎么样才能和之前跑的数据接着跑，而不是从零开始呢

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老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

  • QCJ 2023-08-08 16:56
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重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答