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samtools

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用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

东篱 2024-02-20 10:57:33

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老师您好，我想提取一条染色体多个指定区段的序列，然后根据这个序列建立索引文件，我尝试了这个命令不可行，想请教一下

: ) 2022-10-06 08:35:25

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如何用Samtools截取保守域序列，老师您之前发的链接里的方法我看不太懂，有没有较详细的，该输入那些指令

陌明 2022-08-23 13:11:23

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sam 转换成bam 格式并排序时，没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

星野 2022-04-03 16:51:09

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sam文件转化bam

留意 2021-07-07 10:19:34

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在获取染色体的长度信息的时候samtools faidx一直运行不出来，是为什么？

Chenjiamin 2021-04-07 17:26:01

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老师您好！我在用samtools获取染色体长度时报错，可能原因时Contig1中的序列长度不一致，这种具体该怎么处理呀？我看了它的序列是图上这种样子的

不悔 2020-08-05 13:53:17

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SNPcalling的方式有samtools结合bcftools，或者bcftools，或者gatk，三者之间有什么区别，那种方式更好一些

杨辉 2020-01-09 23:03:31

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基因定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

枫 2019-11-06 16:18:01

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BSR-SEQ

暗香疏影 2019-09-02 16:40:50