10 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

attachments-2024-07-cejX3s9t6684f5da8eddf.png命令:

/public/software/singularity/bin/singularity exec /public/home/huangyou/docker-images/reseq-v2.0.sif gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \

-I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \

-O /public/home/wangyongsheng/oats/text/gvcf/${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 6  --sample-ploidy 2 \

-ERC GVCF --tmp-dir /public/home/wangyongsheng/tmp


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

我们的流程没有在singularity中测试,建议使用docker分析数据,    

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  • 233 提出于 2024-07-03 14:57