我们的流程没有在singularity中测试，建议使用docker分析数据，
10 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令
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命令：
/public/software/singularity/bin/singularity exec /public/home/huangyou/docker-images/reseq-v2.0.sif gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \
-I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \
-O /public/home/wangyongsheng/oats/text/gvcf/${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 6 --sample-ploidy 2 \
-ERC GVCF --tmp-dir /public/home/wangyongsheng/tmp
