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请问老师MYB基因分1R，2R和3R怎么分的？

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求助LTR harvest 软件的安装教程

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我下载的unmasked基因组和对应的GFF，GFF文件比基因组大的多，而且用TBtools提取的基因组序列，结果生成一个FA文件和一个FAI文件，提取的序列文件是空的。我想请教一下，这种情况应该怎么解决？

  • 2020-06-12 17:23
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linux（虚拟机） 安装Aspera的方法？

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老师你好，我是在NCBI上面下载的枣的gff，以及蛋白质序列，做共线性分析的时候，perl get_gene_position.pl GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1_genomic.gff AT.gff输出之后的文件与perl get_fa_by_id.pl AT1.gff GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1_protein.faa pep.fa输出的文件是空的，应该怎么办。

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老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因？

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我想请教一个问题，如果没有GFF文件，能从基因组中进行基因序列提取吗？批量的那种？ 另外，方便的话可否推荐一个提取序列好用的软件，感谢！

  • 2020-05-28 21:29
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老师，您好！对于NCBI上没有公布基因组注释文件的，我该怎么去找对应物种的gff？

  • 2020-05-27 21:47
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有没有TBtools的安装包啊，免不免费的都行

  • sham 2020-05-27 15:46
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5 如何对比判断一个物种两个基因组质量的好坏？

  • 2020-05-26 18:14
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5 构建系统进化树时利用课程提供的脚本提取不出来cds序列是为何？

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5 老师，您好，学习咱们得基因家族分析课程。按照咱们得代码运行，发现第二次搜索hmmsearch，发现输出空吧，我把以前生成的文件和你们提供的demo比了一下都一样，可是WRKY_domain_new_out.txt空白

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进化关系分析老师你好！我想看看这几个bhlh基因中的哪个和sa6G516730的亲缘？ 进化分析得出sa6G516730跟bhlh12 关系比较近，但相似度分析sa6G516730跟bhlh114比较近这种情况下我该选择112还是114呢？

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10 NCBI序列上传

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老师你好！多个物种（黄瓜、拟南芥）构建进化树，用蛋白序列做多序列比对时，把所有序列一起弄到MEGA软件中进行比对这样做对么？有老师说用mega做多序列比对时，序列数最好不要超过80条，我提交了300多条一起做的多序列比对，这样做出来的结果会不会有问题呢？

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请问怎么找不同棉花品种里面的直系同源基因？

  • 2020-05-06 23:24
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各位老师好，我要分析的基因家族没有fa. pep. gff3. 和cds文件，请问还有其他办法进行分析吗？

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请问老师植物叶绿体基因组数据GFF和CDS等怎么下载？

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提交基于二代测序的数据组装分析得到的基因组组装数据

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老师你好！有关MCscan的使用