老师好，我写了sh后台运行ParaAT 多序列比对查看运行完成的日志文件时，大多数物种都出现这个报错情况：
在将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性
并且继续用这个结果进行下一步的合并分析时#合并成supergene
seqkit concat ./aln_out/*.pep_aln.renamed > single_copy.pep_msa.fasta
输出的结果是空的……
前面都是按照课程的脚本跑的
请问该怎么处理这个报错呢？
这里有基因ID，你找到对应ID的cds和蛋白序列检查他们之间是不是3倍关系；确认解决一下；
如果数量不多，可以把这样的基因对删除
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