我在比较基因组中使用ParaAT进行多序列比对时命令如下：perl ../scripts/ParaAT/ParaAT.pl -h single_copy.txt.renamed -a all.pep.fasta -n all.cds.fasta -o aln_out -p $threads -format fasta -m muscle -verbose
但是产生的结果文件中，有3个基因的pep_aln是有序列的，但相应的cds_aln.fasta是空的，请问老师这是什么原因造成的呢？
这个需要看数据测试看看才知道，
你看看这几个缺失的基因序列有没有特殊吧；
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