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10 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢

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基因家族分析之基因结构分析

  • 荣 2025-04-16 23:03
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20 GFF文件格式不标准

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基因家族生信

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我鉴定的家族成员的基因ID和已经发表文献的基因ID不一样，如何让两者对应起来？下图左侧是文献中的基因ID，右侧是我鉴定出来的基因ID，数量一致。

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可以给我分享一下您的基因家族镜像吗

  • 2025-04-07 11:02
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老师你好，我在进行到基因结构分析structure这一步时，出现错误 望解答

  • 2025-04-07 10:10
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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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老师你好，我在进行到基因结构分析structure这一步时，出现错误 望解答，感谢！

  • 2025-04-03 18:04
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你好，提取CDS序列时，出现错误，怎么解决

  • 2025-04-01 14:33
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您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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老师我200个样本的重测序测完以后，构建进化树时进化树的分群信息和我样本的来源信息不同，该怎么解决呀

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请问pfam 模型下载选择那个是？ hmm后缀的文件还是seed 文件？

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15 CCS报错---unsupported sequencing chemistry combination

  • K.K. 2025-03-20 22:00
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老师您好，我在运行这段代码时没有任何反应，请问是出现了什么问题？Oryza文件里是水稻的参考基因组