老师，您好，在学习《动植物基因组组装与注释分析实操》中的基因组重复序列注释时，想确认两个问题：

（1）为什么不直接用genome.fa做注释，而是先用contig.fa做注释，然后再用liftOver将contig repeat GFF 转换成 genome repeat gff？

（2）为方便后续的基因组基因注释，repeat注释完后，是仅屏蔽基因组中TE区，还是屏蔽掉所有的repeat区域？
谢谢！