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微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial

基于微生物16s测序数据中的OTU丰度矩阵可以进行微生物互作网络构建，从而探索微生物之间的互作关系。而网络的构建方法多种多样，下面给大家推荐一个网站，Microbial association network constr...

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Daitoue
发布于 2018-06-28 22:18
阅读 ( 4612 )

转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？

差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差...

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landy
发布于 2018-06-28 16:33
阅读 ( 8705 )

转录组差异基因为什么要进行聚类分析？

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式，将表达模式相同或相近的基因聚集成类，进而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，这些同类基因可能具有相似的功能，共同参...

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landy
发布于 2018-06-28 16:28
阅读 ( 15035 )

转录组测序样品间的相关性有何意义？如何计算?

样品间的相关性反应了样品间的相似程度，即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因也越少。生物学重复间的样品的相关系数...

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landy
发布于 2018-06-28 14:02
阅读 ( 11192 )

大数据挖掘解决老年痴呆症百年难题

大数据挖掘解决老年痴呆症的病因，可能更病毒感染有关

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microRNA
发布于 2018-06-28 10:12
阅读 ( 2739 )

Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后，如何筛选新转录本？

GTF文件中class code 注释转录本的类型

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microRNA
发布于 2018-06-28 09:51
阅读 ( 6516 )

R 删除重复数据

R 删除重复数据的方法，包括duplicated 和unique 针对duplicated, 对向量的元素或数据框的行进行操作的时候，返回逻辑值，以下面的数据框为例： dat A B C D1 a b a c2 c k b d3 c k c c4...

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Daitoue
发布于 2018-06-27 22:00
阅读 ( 3739 )

endnote 插入文献变成临时大括号{} 不自动更新文献

endnote 文献插入出现大括号，不自动更新解决办法

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omicsgene
发布于 2018-06-27 17:53
阅读 ( 32019 )

单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

跨物种研究物种遗传进化方法

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omicsgene
发布于 2018-06-27 13:06
阅读 ( 11160 )

GSEA法基因功能富集分析原理详解！

在组学大讲堂之前的一篇微信文章：关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？中，跟大家介绍了GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对...

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landy
发布于 2018-06-25 18:16
阅读 ( 36220 )

搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）

搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）

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omicsgene
发布于 2018-06-25 15:45
阅读 ( 4600 )

TCGA和GEO套路文章解说

利用GEO数据TCGA数据筛选疾病相关标志分子，miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA等；

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omicsgene
发布于 2018-06-23 14:08
阅读 ( 7093 )

gdc-client 下载TCGA数据

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microRNA
发布于 2018-06-22 16:10
阅读 ( 10323 )

叶绿体基因做跨物种系统发育分析

叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。

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安生水
发布于 2018-06-22 16:01
阅读 ( 4729 )

SNP2CAPS使用

SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl chr5D:9950377.fa_1 link_gcg AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII > chr5D:9950377.txt 其中...

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安生水
发布于 2018-06-22 15:44
阅读 ( 3246 )

merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00 Cufflinks exon 37990 38333 . + ...

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安生水
发布于 2018-06-22 15:09
阅读 ( 4474 )

如何将GEO芯片注释文件整理成GSEA能使用的芯片注释文件？

将GEO数据库中的注释文件整理成GSEA软件可以使用的芯片注释文件

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landy
发布于 2018-06-22 15:01
阅读 ( 8157 )

perl 中glob函数

perl中通过文件操作符glob提供相当于shell中的指定多个文件的“通配符”语法功能，文件操作符glob将返回与所指定的glob文件模式相匹配的所有文件的list。

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安生水
发布于 2018-06-22 14:29
阅读 ( 5742 )

MEGA构建进化树遇到报错信息

最近又有人遇到mega构建进化树时报错，所以分享一下这个经验给大家。 Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.