GSEA - 组学大讲堂问答社区

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enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

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准备好分析需要的文件，在GSEA官网下载分析软件（软件可以免费下载，需要配置java环境）就可以进行GSEA分析。打开分析软件，第一步是载入数据，如下图所示，点击红箭头指向的1出的Load data会...

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在组学大讲堂之前的一篇微信文章：关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？中，跟大家介绍了GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对...

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将GEO数据库中的注释文件整理成GSEA软件可以使用的芯片注释文件

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在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件；这四个文件只需要分析者提供前两个文件即...

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在作GSEA的分析时候需要提供一个预先定义好的基因集，用来评估基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用，那么基因集都包括哪些呢？ GSEA官网的基因集...

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GSEA的定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用。其输入数据包含两部分...