AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

python mcscan 运行报错

python 版本的mcscan分析最后绘制共线性绘图时报错如下:

运行命令如下:

/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout

报错信息如下:

ms.boundary', 'scipy.spatial.kdtree']
12:29:39 [__init__] CACHEDIR=/home/manager/.cache/matplotlib
12:29:39 [font_manager] Using fontManager instance from /home/manager/.cache/matplotlib/fontList.json
12:29:40 [__init__] backend agg version v2.2
12:29:40 [base] Load file `mcscan_layout`
12:29:40 [base] Load file `HVI.bed`
12:29:41 [base] Load file `OSI.bed`
Traceback (most recent call last):
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main
    "__main__", fname, loader, pkg_name)
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code
    exec code in run_globals
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py", line 330, in <module>
    main()
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py", line 318, in main
    Karyotype(fig, root, seqidsfile, layoutfile)
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py", line 269, in __init__
    layout = Layout(layoutfile, generank=generank)
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py", line 87, in __init__
    self.assign_colors()
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/base.py", line 97, in assign_colors
    self.assign_array("color", colorset)
  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/base.py", line 91, in assign_array
    if not getattr(x, attrib):
AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

这是由于输入第二个配置文件多了一个空行如下,删除空行运行成功;  所以最后不要有空行。

attachments-2018-11-Avzz09Ty5bf00b4f1324a.jpg

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  • 发表于 2018-11-17 20:39
  • 阅读 ( 6804 )
  • 分类:软件工具

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