bioperl读写fasta/fastq压缩文件

bioperl读写fasta/fastq压缩文件

bioperl读写gz压缩格式的fasta/fastq文件方法如下:

输入文件句柄:

fastq文件

open my $FQ ,"zcat infile.fq.gz|" or die "$!";

my$fq=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ,-format=>'fastq');


fasta文件
open my $FA ,"zcat infile.fa.gz|" or die "$!";
my$fa=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FA,-format=>'fasta');


 输出文件句柄:

fastq文件

open my $GZ ,"| gzip >outfile.fq.gz" or die $!;

my$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $GZ , -format => 'fastq');

fasta文件

open my $GZ ,"| gzip >outfile.fa.gz" or die $!;

my$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $GZ , -format => 'fasta');



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  • 发表于 2018-11-23 13:04
  • 阅读 ( 2870 )
  • 分类:perl

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安生水
安生水

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