芯片 - 组学大讲堂问答社区

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affy包查看全匹配探针与错配探针

affymetrix表达谱芯片查看全匹配探针PM与错配探针MM

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Daitoue 发布于 2019-02-15 15:57

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批次效应移除算法

识别和清除批次效应对芯片数据的影响相关算法

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Daitoue 发布于 2018-12-21 14:44

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Illumina microarray未标准化数据分布

不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...

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Daitoue 发布于 2018-12-07 17:23

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芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素，一般，RNA从5端开始降解，所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势，斜率越小，说明降...

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Daitoue 发布于 2018-12-07 16:38

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affymetrix芯片未标准化数据分布

获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...

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Daitoue 发布于 2018-12-07 14:46

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芯片灰度图

基因芯片灰度图是最原始的图像，每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。

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Daitoue 发布于 2018-12-07 13:37

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芯片原始数据标准化的几个包的安装

芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。

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Daitoue 发布于 2018-12-07 10:38

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pennCNV软件linux系统安装

pennCNV主要用于芯片数据分析CNV软件

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omicsgene 发布于 2018-08-13 13:35