空间转录组分析的终极目标-细胞分割
空间转录组面临的挑战是什么？空间转录组保留转录本的空间位置，但大多数平台并不直接捕捉单细胞层面的表达。相反，数据捕获在较小的捕获区域spot（例如 Visium HD 中的 2×2 微米bin），这些区域小于或者大于一个细胞单元，甚至在细胞边界。另外，细胞并非完美的圆形——它们分布不规则且分布不均匀，尤其是在复杂组织中。利用简单粗暴的方式划分bin20，bin50等近似代表细胞会导致空间细胞的完整度的丧失。
华大和10X公司细胞分割技术介绍
为解决细胞划分的问题，基于图像的细胞分割技术应运而生。各大平台已经开始采用和支持，如华大（BGI）的 Stereo-seq，可以利用 H&E 或 ssDNA 染色来创建细胞级的数据（使用的方法为华大自主开发的CellBins算法），CellBin 在多个物种的组织间表现出高度兼容，包括动物组织和植物组织。下图展示了 CellBin 在多种样本上的表现，包括小鼠睾丸、大脑、嗅球和拟南南草种子。
此外，CellBin 已成功应用于多种组织类型，如大鼠脑、斑马鱼心脏、猪子宫和人类癌组织：
10X公司的Space Ranger v4.0 开始也支持基于 H&E的细胞分割 采用的方法为StarDist v6，10x 团队在一个庞大的数据集上训练了该模型：来自 150 多张 H&E 染色图像 ，包括 FFPE、新鲜冷冻（FF）和固定冷冻（FxF）样品；涵盖人类和小鼠的24种组织类型：人体组织：胸腺、皮肤（黑色素瘤）、前列腺、结肠、结直肠癌、乳腺癌、乳腺癌、扁桃体、大脑、脑癌、肺癌和脾脏。小鼠组织：大脑、骨骼、睾丸、小肠、脾脏、胚胎、肝脏、肺、肾和胸腺；10x Genomics 官方说明切割模型假设核形态大致为圆形。这使得其对形状不规则的细胞类型分割较差，例如：Neurons 神经元，Muscle cells 肌肉细胞，Plant cells 植物细胞，对于这些组织，仍建议：使用bin合并策略。
总之，10X公司细胞分割主要适用圆形的动物细胞，而华大的动物植物的细胞都适用更广泛一下，至于哪家技术更好需要大家去测试；后面我会给出代码如何读入细胞分割的结果用于后续分析。如果你有单细胞或者空转数据不知如何分析，我们生信课堂有专业团队，欢迎咨询：
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