华大的空间转录组 手动标注的组织区域如何添加到数据中
华大的空间转录组 手动标注的组织区域如何添加到数据中
方法一：
利用华大提供的stereoMap手动画出区域并命名，然后生成csv文件：参考https://www.stomics.tech/service/new-StereoMap.html
根据csv文件的 坐标信息及分组，添加到seurat对象中即可：
方法二：
上面手动生成当然可以的，但是如果样本多，再分不同的bin工作量还是蛮大的，这里写了一个脚本，可以根据标注的区域文件geojson文件，自动生成分组文件：
1.支持多个区域，建议区域间不要有overlap
2.定义分组
Rscript polygonGroupMetadata.r \
-m afterQC.metadata.tsv \
--geojson DE.lasso.geojson DF.lasso.geojson DP.lasso.geojson \
--group DE DF DP \
-c DEFP \
-o bin50.DEFP_metadata.tsv
#添加分组添加到分析数据中：
Rscript addMetadata_to_seurat_obj.r -i afterQC.qs -m bin50.DEFP_metadata.tsv -p bin50
python3 addMetadata_to_scanpy_anndata.py -i afterQC.h5ad -m bin50.group.tsv -p bin50
- 发表于 18小时前
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