PASA运行过程报错：

Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/update_alignment_status.dbi -M 'pasa.sqlite' < alignment.validations.output  > pasa_run.log.dir/alignment.validation_loading.output

sh: alignment.validations.output: No such file or directory

Error, cmd: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/update_alignment_status.dbi -M 'pasa.sqlite' < alignment.validations.output  > pasa_run.log.dir/alignment.validation_loading.output died with ret 256 No such file or directory at /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/PerlLib/Pipeliner.pm line 187.

        Pipeliner::run(Pipeliner=HASH(0x2634208)) called at /share/work/biosoft/PASApipeline/latest/Launch_PASA_pipeline.pl line 1047

根本原因是上一步的结果 alignment.validations.output没跑出来，那么如何看自己上一步的运行命令，然后续跑呢？

找到错误的步骤

# 1) 跑到哪一步了（最后成功的 chkpt）
ls -lt __pasa_pasa.sqlite_*_chkpts/*.ok | head -20
# 2) 上一条实际执行的完整命令（直接抄这段手动复现）
grep validate_alignments __pasa_pasa.sqlite_*_chkpts.cmds_log

然后发现我的问题在于alignAssembly.config配置文件的时候写了行尾 # 注释，所以运行的时候命令是这样：

/share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/validate_alignments_in_db.dbi -M 'pasa.sqlite' -g genome.fa -t all_transcripts.fasta.clean --MAX_INTRON_LENGTH 1000000 --CPU 20   --MIN_PERCENT_ALIGNED 75 #设置转录本比对到基因组上的最小比对百分比阈值为 75% --MIN_AVG_PER_ID 95 #指定比对区域的最小平均序列同一性为 95% --NUM_BP_PERFECT_SPLICE_BOUNDARY 0 #设置完美剪接边界所需的连续匹配碱基数量为 0 > alignment.validations.output

修正+续跑

因此先修改config文件，把行尾注释删除，然后删除这个文件：

__pasa_pasa.sqlite_SQLite_chkpts/validate_alignments.ok

重新运行PASA的主程序：

Launch_PASA_pipeline.pl -f FL_accs.txt -c alignAssembly.config -R -g genome.fa -T  -t  all_transcripts.fasta.clean -u all_transcripts.fasta --CPU 20 --ALIGNERS blat,minimap2  --TRANSDECODER --TDN tdn.accs --MAX_INTRON_LENGTH 1000000

续跑注意点：不要加-C -r参数