甲基化水平如何计算

甲基化水平如何计算

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  • 安生水
  • 发布于 2024-07-11 09:51
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qsub任务投递系统的常用命令

qsub全称为”Queue Submitter”,是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中,等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-26 17:54
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蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介: MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一,免费使用,目前认可度相对较高,可针对多种质谱数据格式(.raw、.wiff、.mzML、.mzxml)。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-26 11:52
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Windows里MaxQuant下载与安装

MaxQuant网址:https://www.maxquant.org/

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-19 17:02
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ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具,它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网:https...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-14 15:13
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gtfToGenePred报错

使用gtfToGenePred的命令和报错: gtfToGenePred -genePredExt  Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-13 11:47
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序列的提取和截取

序列的提取是我们生物学分析的基础操作,在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-05 14:27
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如何预测CpG岛

在人类基因组的广袤海洋中,隐藏着许多生物学上重要的结构,其中之一就是CpG岛。这些富含CpG二核苷酸的DNA序列区域在基因表达调控中扮演着关键角色。然而,要想有效地理解这些岛屿的功能,首先...

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  • 安生水
  • 发布于 2024-06-04 14:44
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VScode文档列对齐插件-code alignment

一款VScode中文档列对齐的插件

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

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  • 安生水
  • 发布于 2024-05-08 15:19
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cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。

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  • rzx
  • 发布于 2024-04-30 17:41
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htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈 新版 的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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  • xun
  • 发布于 2024-04-25 11:03
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NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行(Command line tools)工具,datasets可以下载ncbi上的生物数据,dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-04-24 16:52
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转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-01 11:36
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GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

报错 在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错: 报错的主要信息用红框框出了,错误信息是:错误为发生JNI错误,请检查安装并重试。 出现报错的原因: 1. javac与java版本...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-03-25 11:54
  • 阅读 ( 407 )

windows安装Aspera Connect软件

windows安装Aspera Connect软件

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-22 17:29
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在Windows系统中安装并使用seqkit工具

seqkit软件介绍: Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件,由go语言编写,功能比较完善,软件使用也很稳定。 下载链接:https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式: 1. 点...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-19 17:01
  • 阅读 ( 674 )

bcftools创建vcf索引失败

bcftools创建vcf索引失败

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-18 13:44
  • 阅读 ( 294 )

GFF或GTF格式转bed

GFF或GTF格式转bed

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-14 14:02
  • 阅读 ( 396 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272     ...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-11 18:13
  • 阅读 ( 1334 )