使用fastp软件对fastq文件进行剪切

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

fa最新版vscode登录时会报错,因为一些系统基础软件版本太低了,所以如果不想回退版本,就需要更新一下 ▶ ldd --version #来看一眼自己的glibc版本 ldd (GNU libc) 2.37 Copyright (C) 2023...

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  • xun
  • 发布于 2024-02-02 14:24
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lnd无法下载样本名称含有+的数据

linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件,其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出: https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生 该软件在遇到...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-31 10:52
  • 阅读 ( 257 )

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
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CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-26 17:02
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rMATS turbo使用

rMATS turbo使用

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-17 11:30
  • 阅读 ( 403 )

seqcluster软件安装

seqcluster软件安装

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-10 13:38
  • 阅读 ( 382 )

超快的文件传输软件trzsz

对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-09 10:56
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LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其中的假阳性LTR...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-04 14:29
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BaiduPCS-Go上传经常出错

使用BaiduPCS-Go上传文件经常出现错误,检查一下版本 直接使用软件自带的不一定下载成功 ,所以手动下载一下,这个版本直接解压就行,有需要的可以下一下,不需要编译了, BaiduPCS-Go-v3.9.5-li...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-02 15:54
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BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-27 11:31
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SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换(bedtovcf)

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-18 17:12
  • 阅读 ( 380 )

ssh登陆报错

ssh登陆报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-18 16:19
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GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

解决办法:https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤,就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除,一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-15 10:23
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SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-13 13:51
  • 阅读 ( 493 )

一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-13 10:56
  • 阅读 ( 361 )

trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
  • 阅读 ( 546 )

break报错

break报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-06 14:47
  • 阅读 ( 398 )