circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

Circos基因组圈图绘制软件

Circos(官网链接:http://circos.ca/)是一款非常nice的基因组圈图绘制软件,它所绘制的图片,emmm……你想有多漂亮就能有多漂亮。它提供了部分在线绘图的功能,可以戳这里了解一下:教你绘制circos图。但是基于对图片的要求不同,掌握了命令行的方式进行绘图,能够获得的结果也就越完善。这里就从最简单的入手(如下图),来教大家掌握绘图方法!

attachments-2018-12-amWD4nhn5c1c784c0ebfd.jpg

数据准备

参考上图,绘制需要两项基本内容,其一是染色体信息文件(核型文件),主要目的是在图片上显示出染色体,并进行颜色等相关设置;其二是标签文字文件(文本text文件),主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。

核型文件(chr.info)
格式如下所示:

chr     -       1       Chr1    0       30427671        chr1
chr     -       2       Chr2    0       19698289        chr2
chr     -       3       Chr3    0       23459830        chr3
chr     -       4       Chr4    0       18585056        chr4
chr     -       5       Chr5    0       26975502        chr5

文件以TAB分隔,前两列可以不变,而需要注意第三列到最后一列的信息,第三列为染色体实际编号,第四列是图片上进行显示的编号,第五列表示染色体长度的起始,第六列对应染色体的终止,也就是最终长度,最后一列实际上控制的是染色体的颜色,chr1至chr5都对应不同的颜色。

text文件(text.txt)
文件格式如下(全部内容共24行,此处仅显示部分):

5       25982254        25986435        AT5G65050
4       17835217        17838969        AT4G37940
4       12023824        12028004        AT4G22950
3       22618259        22620529        AT3G61120
1       25982294        25986349        AT1G69120

文件依然以TAB分隔,第一列表示标签文字(基因)出现的染色体实际编号,第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置,第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置

进行circos绘图,需要依据最终目标整理配置文件,也就是对图片进行各种细节设置,以目标图片为例,配置文件(config.txt)如下:

chromosomes_units=100000 #染色体单位长度
chromosomes_reverse=/[12345]/ #是否对匹配到的染色体进行反转

#####针对染色体显示进行设置
<ideogram>
    fill=yes  #是否进行颜色填充
    label_font=default #染色体标签字体
    label_parallel=yes #字体方向易于浏览
    label_radius=1.1r  #标签位置
    label_size=45      #标签字体大小
    radius=0.5r       #染色体位置
    show_label=yes    #是否显示染色体标签
    ###针对染色体之间空隙大小进行设置
    <spacing>
        default=0.005r
    </spacing>
    stroke_color=dgrey  #染色体外边框轮廓颜色
    stroke_thickness=2p #轮廓厚度
    thickness=0.03r    #染色体厚度
</ideogram>
karyotype=/share/circos/result/chr.info  ##核型文件位置
#######此处仅显示针对标签text进行设置
<plots>
    <plot>
        type=text  #限定plot为文本标签
        color=red   #限定文字标签颜色
        file=/share/circos/result/text.txt  ##text文件位置
        label_font=condensed  #文字字体类型
        label_size=30   #文字字体大小
        label_snuggle=yes #如多个文本文字距离过近,避免重叠 参考:https://www.omicsclass.com/article/678
        show_links=yes   #显示标签和染色体之间的连接
        link_color=black #连接线颜色
        link_dims=0p,20p,50p,2p,2p #连接线细分五部分,各部分长度
        link_thickness=2p  #连接线厚度
        r0=1r       #标签位置,其r0和r1大小能控制标签在内或在外
        r1=1r+200p
        rpadding=5p #文字边缘大小
    </plot>
</plots>

#######针对染色体刻度开始进行设置
show_tick_labels=yes  #是否显示刻度标签
show_ticks=yes    #是否显示刻度
<ticks>
    color=black  #刻度线颜色
    multiplier=1e-6 #刻度标签显示值的计算,显示刻度的位置对应该值的大小
    radius=1r    #显示位置
    thickness=2p #刻度线厚度
    ##设置每5u的刻度并进行细节设置
    <tick>
        size=10p #刻度线大小
        spacing=5u #每5个单元长度出现一个刻度
    </tick>
   ##设置每10u的刻度并进行细节设置
    <tick>
        color=black #刻度线颜色
        format=%d #标签数字格式,%d表示整数,%f浮点数
        label_offset=10p #标签和刻度之间的距离
        label_size=25p   #标签大小
        show_label=yes  #显示标签,标签值需按照multiplier计算
        size=15p
        spacing=10u  #每10u出现一个刻度
        thickness=4p
    </tick>
</ticks>

###其他基础设置
<colors>
<<include etc/colors.conf>>
<<include etc/brewer.conf>>
</colors>

<fonts>
<<include etc/fonts.conf>>
</fonts>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
<<include etc/housekeeping.conf>>

命令行绘图

在安装软件之后,运行绘图命令,即可获得基础图片:

/share/work/biosoft/circos/circos-0.69/bin/circos -conf config.txt --outputdir ./ -outputfile test

当然实际绘图配置文件更复杂,涉及的参数也更多,譬如基因组共现线圈图(见下图),感兴趣的同学可以在circos官网学习更细节的设置,或者点击下方“相关课程”学习相关的绘图方法

attachments-2018-12-JZ1fSmJC5c1c781e74610.jpg

相关课程:


基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读


R语言绘图基础(ggplot2)


更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言入门R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘GEO芯片数据标准化GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他,二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读


  • 发表于 2018-12-21 13:24
  • 阅读 ( 5551 )
  • 分类:科研作图

0 条评论

请先 登录 后评论
Daitoue
Daitoue

167 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 334 文章
  2. 安生水 217 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 50 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章