TCGA临床数据中的TNM分期,如何转换成WGCNA分析中的性状数据

TCGA临床数据中的TNM分期,如何转换成WGCNA分析中的性状数据

WGCNA中的性状数据,主要可以分成两类:

1. 数量性状的数据

数量性状的数据,不需要改变,保持原有的值即可,比如年龄,复发时间等。

2. 分类数据

分类数据,需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0,1两种值,不同的分类转换成是与不是两种可能性。

举个例子,TNM分期,

假设T有3个分期分别为T1,T2,T3;

N有两个分期N1,N2;

M有3个分期M1,M2,M3。

总共有8个不同的分类,那么TNM一个分类,就变成了8个性状分类,出现的性状为1,没有的为0。

那么,T1N2M3 这样的临床分期该如何转换成WGCNA的临床数据呢?

转换成如下的格式:


TNMT1T2T3N1N2M1M2M3
T1N2M31000100

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TCGA-基因差异表达分析

TCGA-转录因子调控

TCGA-ceRNA调控网络分析

  • 发表于 2018-12-20 22:32
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  • 分类:TCGA

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microRNA
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