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SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-18 17:12
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ssh登陆报错

ssh登陆报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-18 16:19
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GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-15 10:23
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SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时，会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-13 13:51
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一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-13 10:56
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trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
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break报错

break报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-06 14:47
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
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cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system

cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本

circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性     bezier_radius=0r...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-22 11:41
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GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序

打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-16 14:49
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BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-16 13:49
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seqkit计算基因组大小

seqkit计算基因组大小

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  • 安生水
  • 发布于 2023-11-08 10:21
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screen软件快捷键修改

screen技巧

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  • xun
  • 发布于 2023-11-06 16:06
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使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

数据分析代码2__用法

代码介绍

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  • xun
  • 发布于 2023-10-31 17:32
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TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-30 17:19
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Unicycler二代、三代混合组装

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-26 14:31
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