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endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

endnote 文献插入出现大括号，不自动更新解决办法

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-27 17:53
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Mapchart绘制基因染色体位置图

Mapchart是Windows系统下，进行基因在染色体上定位图片绘制的工具，主要是针对遗传连锁图和QTL。区别于遗传图谱中遗传距离，我们这里直接可以得到基因在染色体上的物理位置信息，也可以利用Mapchart画图。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-30 18:38
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谷歌学术搜索可以用了（免费，不用翻墙）google scholar

谷歌学术搜索可以用了

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  • omicsgene
  • 发布于 2020-02-18 20:37
  • 阅读 ( 53968 )

分分钟教你绘制基因结构图！GSDS

今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制...

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  • landy
  • 发布于 2018-04-22 18:59
  • 阅读 ( 57669 )

NCBI上下载参考基因组信息

有时候，常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组，比如ensembl，JGI上都没有，这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组；但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整，而且基因和染色体编号都会重新命名，用起来很麻烦；所以除非迫不得已，一般不建议从NCBI上下载参考基因组;

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-10-18 12:00
  • 阅读 ( 42172 )

blast报错

在刚开始按官网教程（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/）学习使用blast时，经常会遇到程序报错

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  • 安生水
  • 发布于 2018-07-06 15:00
  • 阅读 ( 10346 )

一键搞定批量序列提取TBtools！

用基因ID提取其序列很简单，ctrl+F找到ID对应的序列，ctrl+C、ctrl+V就好了，少量基因的还OK，但是如果有几百个甚至上千个ID,手指会不会很酸爽？ 这里墙裂推荐一个软件，功能很强大，就是TBtoo...

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  • landy
  • 发布于 2018-04-22 19:08
  • 阅读 ( 28051 )

从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据

用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据，更快更稳定！

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-22 14:37
  • 阅读 ( 18929 )

phytozome植物基因组下载网站

今天主要介绍一下Phytozome网站基因组如何下载，通过blast查询多个物种中得同源基因，以及根据基因相关功能结构域等批量下载相关基因的CDS，PEP等序列信息；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-22 14:21
  • 阅读 ( 36248 )

pfam数据库介绍及使用

pfam数据库介绍及使用

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-06-18 11:33
  • 阅读 ( 54799 )

多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制 genedoc

蛋白质分析，经常要分析蛋白质的保守结构域，通常要展示多序列比对结果才能说明不同序列间的保守性；看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果；今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图：

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-10-19 10:07
  • 阅读 ( 56982 )

利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

搜索鉴定基因的保守结构域，应该用专门搜索基因的保守结构域工具CD-search，而不是简单的用blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域，对研究基因的功能是非常重要的，因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域！

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-23 12:11
  • 阅读 ( 66152 )

提取bam/sam文件指定区域reads

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。  首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置               ...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-18 09:34
  • 阅读 ( 12942 )

cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

STRING蛋白互作数据库在线分析基因互作网络（PPI）

STRING蛋白互作数据库在线分析网络

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-12-02 14:42
  • 阅读 ( 23705 )

正选择分析之 Site Models

作为常用的正选择分析方法，计算Ka/Ks方法较为严格。本文介绍利用Sites Model方法来分析正选择基因。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-04-22 10:39
  • 阅读 ( 12512 )

NCBI下载SRR并转换为fastq文件

想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据，看了一些下载教程，方法各异，看完思路还是不清晰，以下记录我的操作步骤，仅供参考

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-09 11:56
  • 阅读 ( 5472 )

如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解

Domain-结构域分析是研究蛋白功能时不可或缺的分析项，那么如何去预测蛋白的保守结构域呢？以前我们给大家分享过NCBI提供的CD-search工具的使用，详情请点击链接学习：如何正确预测基因的保守结...

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  • 红橙子
  • 发布于 2022-01-19 21:53
  • 阅读 ( 29146 )

如何利用HMMER鉴定基因家族成员

作者 smyang2018 在可视化, 归档, 生物信息学, 软件学习 通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时...

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  • smyang2018
  • 发布于 2019-04-04 10:23
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GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图

由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。 GeneD...

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  • 安生水
  • 发布于 2019-03-01 12:00
  • 阅读 ( 18585 )