cactus报错:Failed to get attribute: partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows from cactus XML

报错: 运行cactus-pangenome的时候报错: [MainThread] [I] [toil-rt] cactus_consolidated:ERROR: ERROR: Failed to get attribute: partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows from cactus...

报错:

运行cactus-pangenome的时候报错:

[MainThread] [I] [toil-rt] cactus_consolidated:ERROR: ERROR: Failed to get attribute: partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows from cactus XML

问题出在 Cactus 配置文件中缺少 partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows 属性。这个属性控制着渐进式比对过程中允许的最大行数,是 Cactus 进行多序列比对时的一个重要参数。

解决方案:

在github上面找到这个文件:cactus_progressive_config.xml

https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/blob/master/src/cactus/cactus_progressive_config.xml

下载下来,替换掉自己下载的cactus文件夹里面的cactus_progressive_config.xml (一般地址可能在:Python3/lib/python3.8/site-packages/cactus)

或者是安装最新版cactus也可以。


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Ti Amo
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