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vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改

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CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

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annovar注释疑惑

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重测序中GATK无法运行

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请问老师，使用annovar进行注释出现报错，如下：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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进行bam文件排序时报错

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质控 Per base sequence content

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3 进行bam文件排序时报错 killed

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在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，获得的fastq文件合并成一个文件

  • bomm 2023-12-14 22:46
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GATK过滤掉三分之一的位点正常吗

  • 231 2023-12-14 12:49
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call snp

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GATK

1 解决

重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

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structure样品顺序问题

  • 2023-12-11 15:33
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gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

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SNP过滤问题

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重测序bwa之后排序报错

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系统发育树

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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0