call snp

老师您好,在call snp这一步,我采用ParaFly工具多任务并行, ‘nohup ParaFly -c gvcf.sh -CPU 16& ’  。我有500GB 的物理内存,gvcf.sh当中的-Xmx设定为20g,是否会造成内存利用不足,我想缩短这一步的时间,还需要再增加-Xmx设定的值吗?用top命令查看,每个任务的物理内存使用不到2g,是不是意味着再增加内存也不会加快呢?谢谢!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

任务快慢与否不仅和内存有关,还和CPU性能有关,如果有大量数据读写还和硬盘读写速度有关;

xmx只是限制最大使用内存,并不是程序真正使用内存;

这一步gvcf内存对速度影响不大

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  • yangxiang666 提出于 2023-12-13 20:12

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