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群体结构中的最佳K值

  • 231 2023-10-13 09:52
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structure_plot.r 停止调用

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请问老师为何绘制snp密度图报错？

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参考基因组建立索引为什么生成的unknown—refGeneMrna.fa 和 unknown—refgene.txt 都是0K？

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遗传图谱构建中群体SNP检测与开发

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测序数据质控报告GC分布

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测序reads和参考基因组进行map,参考基因组的fna扩展名的文件和fa扩展名的文件一样吗？需要转换吗？

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PopLDdecay总是显示command option error

  • 231 2023-09-27 15:49
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5 老师好，我在跟着课程实操时，运行gatk call snp时候，使用源代码也报错了，我用的镜像是课程里的v1.1的版本还请老师帮忙看看，谢谢了！

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基因组重测序，read比对到参考基因组时出现truncated file怎么办

  • 2023-09-14 23:09
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老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

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群体遗传课程admixture的问题

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Fasttree构建进化树关于文件格式转换。

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LD衰减分析

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想请教下老师，我在合并完受选择区域后进行基因注释的时候一直是这个错误，不知道怎么解决，麻烦各位老师帮忙解答。

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老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

  • QCJ 2023-08-08 16:56
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在群体遗传学的分析中，通常会计算核苷酸多样性。一般是以滑动窗格的形式展示的pi值，但是在文章里通常会展示一个整体的pi值，这个整体pi值通常是怎么计算呢？

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如何通过GWAS的曼哈顿图结果筛选基因？

1 解决

15 老师好，我购买了咱们的群体研究，请问如何计算vcf文件中某段范围内的纯合基因型（GT）频率？

  • Iron 2023-07-15 17:46
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10 尊敬老师，根据重测序课程质控的时候，有的样本会killed，有的就不会，killed的输出结果文件也不是空的是什么问题呢？别的样本数据可以正常输出，这三个文件都特别大，双端测序总共能有20G，是不是数据太大，内存不够