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30 请问在重测序数据比对参考基因组时，参考基因组中除chr外还含有contig，是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了，对后续的变异检测有没有影响？

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请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

  • 2023-05-31 11:03
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老师您好，我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析，已经组装好线粒体基因组，是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么？

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老师您好，我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析，已经组装好线粒体基因组，是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么？

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samtools过滤多重比对的-F 256参数设置

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用Tassel转vcf为hapmap格式文件

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10 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事

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您好我的过期了，可否给延期一下

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将VCF文件转换为phy格式的时候报错，不知道序列里为什么会有数字0，应该怎样解决呢？

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5 老师好 请问基于Fst和Pi的选择清除 如何看哪些受选择区域是属于哪个群体的呢

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5 IBD分析问题

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使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错

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老师好！我想问下在进行TreeMix分析中，想设置外缘群体（outgroup）,是不是直接在代码中加-root参数，然后添加外缘群体的样本名？

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老师您好！我想问下当我在计算群体间遗传分化指数（Fst）时,发现其中两个品种间的Fst值很大，但是群体结构分析中（PCA，NJ-Tree,最大似然树）中却发现这两个品种聚类较近，且在一个分支上。这应该怎么解释啊？谢谢老师！

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老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？我不清楚这个解释比例是怎么计算的？谢谢老师！

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老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？谢谢大家！

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请问选择消除分析需要过滤哈温平衡吗？

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您好，我是买了群体研究合辑的学员，然后我用您的代码跑BSA。我想问你们的默认两条阈值线设定的是多少？

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老师您好，我这边在知乎上看到贵公司发的题为"如何检测外源基因的插入位置”的文章，想请教一下您对这方面了解么？或者贵公司有其他老师了解么？谢谢啦！

  • Mary 2022-11-29 17:27
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老师，您好，我想请问一下，就是XPCLR计算的时候（老版的），我看你的博文写的（https://www.omicsclass.com/article/1334)遗传距离(可简单的物理距离/100000000)，就是我写论文计算也可以直接用这样简单表示遗传距 吗，还是需要将snp根据遗传图谱呀？