GATK

gvcf文件,是应该转换成vcf文件后进行硬标记过滤?还是说可以硬标记过滤完转换?二者有前后顺序影响吗?

第二个问题就是,硬标记过滤程序跑起来很慢很慢,大约一天才可以标记1G左右,这是因为什么呢?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

gvcf是中间文件,不能用于过滤,建议看看课程: https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ


对的GATK过滤本身就是很慢,慢慢等吧;

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