用GenotypeGVCFs合并不同种质的g.vcf文件

在用GenotypeGVCFs合并不同种质的g.vcf文件时,用这样的命令(gatk  --java-options "-Xmx50g" GenotypeGVCFs --tmp-dir $tmpdir -R $REF -O all.raw1.vcf.gz -V gendb://db )。但是我发现生成的 all.raw1.vcf.gz文件中,最前边的不是Chr1。而是Ch4(第四条染色体,参考基因组这样写的,少写一个r),在上一步生成的bd文件家中,染色体是这样排序的,如下图。attachments-2025-09-fOnQPqhP68ccd840df0e8.png怎样调整一下,生成的all.raw1.vcf.gz按照这样的顺序(Chr1 Chr2 Chr3 Ch4 Chr5 Chr6.....Chr12)

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1 个回答

Ti Amo

是head部分染色体顺序也这样还是变异部分的顺序?如果只是变异之后的顺序,可以在生成完了vcf之后单独用Picard SortVcf或者其他软件做一下排序工作。

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  • 郭老师 提出于 3天前

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