可能的原因有：
1. 数据量不足​，如果数据量太少（低覆盖度这种）PSMC可能无法检测到有效信号。vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100这一步做了深度过滤，如果测序深度不够的话需根据实际覆盖度调整。psmc.fa文件内容需要包含足够的杂合位点。
​​2. 参数设置不当​，PSMC的参数（ -t、-r、-p）对结果影响很大，不合理的参数可能导致模型无法捕捉种群动态。 -p的4+25*2+4+6是默认值，可以尝试10+20*2+10这种的。包括-t15 -r5也可以做适当调整。
3.绘图时使用的突变率（-u 1e-8）或世代时间（-g 1）可能不适用于你的物种。

软件的使用和参数可以更多参考原文：GitHub - lh3/psmc: Implementation of the Pairwise Sequentially Markovian Coalescent (PSMC) model