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CNV拷贝数变异

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100 SMC++进行种群历史分析时所用的VCF是否需要LD过滤

1 解决

bwa比对

  • Jay 2024-03-04 18:37
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重测序circos运行失败

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有40个样本的基因型（重测序结果）、表型数据。可以做什么分析？

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重测序比对

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

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进行picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES时，出现如下错误，烦请老师解答，谢谢！

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群体遗传SNP获取

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变异结果过滤

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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VCF文件

  • bomm 2024-01-25 00:00
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变异结果过滤，gatk VariantFiltration

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Fst染色体数量不对

  • 231 2024-01-16 22:21
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参数设置

  • Jay 2024-01-15 13:41
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CNV拷贝数变异分析

  • bomm 2024-01-13 16:22
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snp密度图绘制

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GCVF合并

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变异结果统计与绘图展示