老师您好，我公司返回来的过滤数据All.filtered.vcf.gz有441.37GB，之后根据课程0.1：vcfutils.pl 过滤掉indel附近的snp,all.varFilter.vcf.gz是173.01GB，#0.2：vcftools的结果文件clean.vcf是101.63GB，最后LD过滤之后剩余2.94GB，感觉过滤之后小了很多很多，这个大小差异是正确的吗？
公司返回给你的vcf文件里面可能是没有区分snp和indel的，需要先分开snp和indel再使用这三步进行过滤。正常第一步不会少这么多。假设以173G作为基准的话，第二步和第三步过滤保留的文件大小没什么问题。
主要是LD过滤里面会删掉关联的SNP，这一步是会删掉非常多位点的。但是在很多步骤里面其实使用的是第二步的vcf，只有部分分析要求snp是独立的才会使用第三步过滤的vcf。
