mkdir 16.GeMoMacd 16.GeMoMa
#保留蛋白编码基因
nohup agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $database/homo_protein/ath.gff.gz --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3 &
gff3文件中没有-biotype 和protein_coding ，如何保留蛋白编码基因，这个命令就不能用了吗
就跳过这一条，用$database/homo_protein/ath.gff.gz 作为下一条的输入文件。不确定到底能否使用，可以尝试运行这一条，如果 Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3文件为空或者过小，可以放弃这条过滤。另外，过滤的话可以考虑根据第二列的source进行筛选，删除其他软件得到的非编码rna或者重复序列的信息。
