老师,我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建,我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去,不用再建文件夹下载了,然后一步步做Rstudio的操作么,我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器?

attachments-2025-06-69yKiMgo685d11fe1ce34.png是不是除了demo里的文件,其他的都要下载,或者替换为自己的品种,我看有的数据可能是加载环境。

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1 个回答

rzx

构建泛基因列表,只需要把自己01.data_prepare时生成的longest_isoform.gff3和gene.cds.fasta文件链接过来作为数据去生成bed和cds文件就行。因为构建泛基因列表w.sh文件中的“# 提取最长的转录本”“# 提取cds”“# 改cds的名字为基因名字”步骤已经在01.data_prepare时完成了

并且不需要示例数据pangenlist里面的文件

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