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perl对文件夹处理

用perl批量处理文件夹下所有文件 opendir（）获取目录权柄；readdir（）读取目录下文件 #!/usr/bin/perl -w $dirname = "/tmp";         #指定一个目录 opendir ( DIR, $dirname ) || die...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 16:15
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R语言计算平均值，中位数

Mean（）求平均值 通过求出数据集的和再除以求和数的总量得到平均值 函数mean()用于在R语言中计算平均值。语法 用于计算R中的平均值的基本语法是 - mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...)...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 15:53
  • 阅读 ( 12569 )

beta多样性中的距离矩阵总结

距离矩阵差别：jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac（weighted/unweigted）

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-24 13:20
  • 阅读 ( 10935 )

linux下替换文件中的换行符

之前在linux系统执行以下命令： ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 10:35
  • 阅读 ( 5948 )

什么是GSEA?

GSEA的定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用。其输入数据包含两部分...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-24 10:20
  • 阅读 ( 3884 )

Ka/Ks与进化选择压力

Ka/Ks表示的是非同义替换（Ka）和同义替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 同义/非同义突变概念  同义突变表示氨基酸没有改变，氨基酸没...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-23 16:53
  • 阅读 ( 13598 )

组学大讲堂视频课程

组学大讲堂视频课程

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-22 13:04
  • 阅读 ( 16512 )

pubmed按影响因子分类文献

pubmed按影响因子归类搜索文献

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-20 10:06
  • 阅读 ( 3789 )

分子生物学纪要：（1）

分子生物学

linux:简单使用（2）

linux

推荐一个好用文献管理软件：CNKI E-Study——数字化学习与研究平台(1)

CNKI E-Study——数字化学习与研究平台的学习使用

R语言、文件读取（2）

R、R语言、文件读取、xlsx

python的简单使用和安装相应的包

python

linux的简单命令(一)

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R语言、ggplot2的简单绘图（1）

初探ggplot2

linux常用命令整理之文件解压缩：

linux常用命令整理之文件解压缩：tar命令：解压：tar xvf FileName.tar压缩：tar cvf FileName.tar DirName gz命令解压：gunzip FileName.gz压缩：gzip FileName zip命令解压：unzip File...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-18 13:03
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转录组数据挖掘的几个建议

如何挖掘数据？明确研究目的，实验方案设计，关注已知的结果，结合表型，进行突破

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-18 11:28
  • 阅读 ( 3885 )

Python虚拟环境解决不兼容问题

采用Python 虚拟环境，解决python不同版本，不同包 间不相容的问题

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-18 10:11
  • 阅读 ( 2179 )

pip安装python模块

python模块安装还是非常简单的，只要把pip安装好之后，一切都用一条命令搞定。 如果你使用的是从 python.org 下载的Python 2 >=2.7.9 或者Python 3 >=3.4，那么pip是已经安装了。 1....

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-18 09:47
  • 阅读 ( 1883 )

提取bam/sam文件指定区域reads

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。  首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置               ...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-18 09:34
  • 阅读 ( 13014 )