全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献
1.基于跨物种位点保守性过滤
SIFT, Polyphen2, LRT, Grantham scale, Mutation Taster and PhyloP
可以用ANNOVAR一站式注释dbNSFP，各种方法的算法参见文章，使用说明见ANNOVAR官网：ljb
2.基于位点的变异频率的稀有性
filtering by MAF < 5% (ESP and 1000G),
nonsynonymous changes, splicing site alterations, inheritance modeling in a trio setting and included genes in HGMD and OMIM with phenotypic overlap
3.根据变异对基因编码蛋白的影响
这边首先利用ANNOVAR软件对变异位点所在的区域进行注释，看变异所处的位置与基因的关系：（exonic, splicing, UTR5, UTR3, intronic, ncRNA_exonic, ncRNA_intronic, ncRNA_UTR3, ncRNA_UTR5, ncRNA _splicing, upstream, downstream, intergenic）。一般会关注编码蛋白基因外显子上的非同义突变，移码突变，引起剪切改变splicing突变，stopgain，stoploss突变等
4.根据家系遗传特点
doi:10.1038/ejhg.2011.258;
5.一代sanger测序确认结果
伴随着WES临床应用的深入，对于WES结果的规范解读也有了更多要求规范以保证最终检测结论的准确可信。ACMG率先于2015年发布了针对测序位点解读注释指南(Richards, Aziz et al. 2015)，该指南对变异分类、支持分类的证据以及适用范围均给出了比较明确的界定，意义重大。随后，ACMG于2016年又再次更新了次要发现（secondary finding）的处理规范(Kalia, Adelman et al. 2017)，在此次规范中重新更新了59个基因，建议临床实验室一并报告检测中涉及的该基因列表中的检测情况，进一步补充和完善了相关测序结果的报告范围。
【2】VALENCIA, C. Alexander et al. CCEPAS: the creation and validation of a fast and sensitive clinical whole exome analysis pipeline based on gene and variant ranking. Journal of Translational Genetics and Genomics, [S.l.], v. 2, n. 1, p. 1, jan. 2018. ISSN 2578-5281
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8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代fastq测序数据解读、
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- 发表于 2018-09-25 15:31
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- 分类：文献解读
