omicsgene
分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较
在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 14:48
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landy
安生水
fastq文件查看指定序列
在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难搜索到
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- 安生水
- 发布于 2018-06-08 11:48
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关于基因家族课程中基因在染色体上位置提取不到问题分析
网易云基因家族课程中，在提取基因在染色体上的位置信息使用到的是一个脚本，大家经常的遇到一个问题就是没有提取出来信息。 下面是可能存在的问题之一： 脚本在处理信息时与gff文件的匹...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 10:39
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microRNA
如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol
AnnotationDbi 和 结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-07 18:30
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Daitoue
R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析
PCA(principal component analysis )主成分分析，可以分析样品之间相关性，确定样品总体上的差异，或者查看是否有批次效应等
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-04 15:21
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linux系统当中源码安装R，无root权限安装
1.安装zlib1.2.5版本及以上 cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix =/share/work/biosoft/zlib make make install 2.安装bzip cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz...
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-02 18:03
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Perl读写Excel
生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件，是可以被Perl读取的，但遇到真的excel文件时，就不行了，这时候就需要使用模块 使用的模块为： Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::Writ...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-01 13:59
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linux系统中ls命令的常用用
ls命令是linux下最常用的命令。ls命令就是list的缩写,缺省下ls用来打印出当前目录的清单，如果ls指定其他目录，那么就会显示指定目录里的文件及文件夹清单。通过ls 命令不仅可以查看linux文件夹...
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- landy
- 发布于 2018-06-01 13:18
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perl 读取文件中的科学计数数字
Perl读取文件中的科学计数法数字是是以字符串读取的，需要将其转化为小数，方法如下 use Math::BigFloat;my $i = new Math::BigFloat '1.931533e-01'; 这里用到了Math::BigFloat这个包，就...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-01 13:11
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