linux命令如何对两个文件去重复
例如你有两个基因id文件，你想知道这两个文件共有的id，怎末办呢？一行命令就可以解决。cat 文件1 文件1 |sort|uniq 输出的就是这两个文件的并集cat 文件1 文件1 |sort|uniq ...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 13:54
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landy
如何快速获取多条序列长度信息
如何快速知道你的多个序列的长度呢？这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具，samtools。命令行格式：samtools faidx xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件，也是就是在...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 11:31
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如何将基因组的注释文件gff转化成基因的注释文件gtf
在做分析的时候，有时候我们需要将gff文件转化为gtf，如何转化呢？ 这里有一个小工具，虚拟机的bio-linux自带不需要安装，就是gffread： 命令行格式：gffread gff文件 -T -o gtf文件，...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 10:55
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Daitoue
omicsgene
安生水
Perl提取染色体序列指定范围的基因序列
Perl提取指定位置的基因序列用到 substr 函数，用法： $gene = substr( $fasta,$start-1, $end - $start+1); 其中$fasta是总的序列；$start是提取序列的开始位置，由于Perl字符串是从0计数的...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-09 16:27
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pfam上不去 打开后搜索没有反应
pfam打开不了解决办法，Pfam这个主页里，这些搜索项目点击没有反应，是咋回事呢
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-09 08:33
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基因家族分析--低成本SCI文章思路
生物信息发展迅猛，公共数据库中存放着海量的数据，如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI？基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊...
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- landy
- 发布于 2018-05-07 15:07
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如何让生信大咖解决自己的问题
在工作和学习过程中，总是会遇到不少问题需要在论坛或者群里进行提问，但是提问者和回答者之间经常会发生不愉快的事情。发生这种情况的主要原因在于提问者不知道如何准确、全面的提出问题，使得...
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-03 16:08
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木薯NBS基因家族分析
利用公共数据发文章，基因家族好思路。 虽然我们一直在说可以“用别人的数据，写自己的文章”，但是具体怎么操作，很多同学还是不清楚。今天就用一个完全用公共数据库资源进行分析发文的例子来和大家分享下这方面的思路。 读前准...
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- landy
- 发布于 2018-04-23 14:20
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利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息
相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。
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- landy
- 发布于 2018-04-23 14:05
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