qiime2分类器的训练

训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网...

训练分类器 Training classifier

因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网下载        https://docs.qiime2.org/2022.8/data-resources/

方法注释在训练分类器之前,我们要弄清楚三点:1.选择合适的数据库;2.扩增引物;3测序序列长度分布(此步骤可选择使用)。

在本教程中,使用的16s rRNA 扩增子数据,引物为515f-806r,选用greengenes数据库进行比对。

提取扩增区命令:



  1. qiime feature-classifier extract-reads
  2. --i-sequences 99_otus.qza
  3. --p-f-primer ACTCCTACGGGAGGCAGCAG
  4. --p-r-primer GGACTACHVGGGTWTCTAAT
  5. --p-n-jobs 4
  6. --o-reads ref-seqs.qza

仅保留细菌的代表序列命令:



  1. qiime taxa filter-seqs
  2. --i-sequences ref-seqs.qza
  3. --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza
  4. --p-include Bacteria
  5. --o-filtered-sequences ref-seqs-Bacteria.qza

仅保留细菌的注释信息命令:



  1. qiime rescript filter-taxa
  2. --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza
  3. --m-ids-to-keep-file ref-seqs-Bacteria.qza
  4. --o-filtered-taxonomy ref-seqs-Bacteria-tax.qza

训练分类器命令:



  1. qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes
  2. --i-reference-reads ref-seqs-Bacteria.qza
  3. --i-reference-taxonomy ref-seqs-Bacteria-tax.qza
  4. --o-classifier classifier-Bacteria.qza

  • 发表于 2022-11-14 15:26
  • 阅读 ( 78 )
  • 分类:宏基因组

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Omics_Kurisu
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