三元相图查看说明
降维排序分析方法包括:PCA、PCOA、CA、DCA、NMDS、RDA、CCA等等还有很多,理解他们的区别与联系才能熟练运用。
对于科学问题,我们常常要找到差异,需要用到统计学检验,但是那么多统计学检验我该如何选择呢?
距离矩阵差别:jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac(weighted/unweigted)
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...
lefse分析
PCA pcoa分析取舍
MEGAN分类柱状图解释
MENA,一个可以利用OTU数据进行在线分子生态网络分析的网站,帮你搞定OTU互作网络图。
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table,因此理解OTU table的含义和来路,对微生物多样性分析至关重要。本文介绍OTU table是怎么样一步一步得来的,及其注意事项。
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。
Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较,也就是样品间的差异,详细介绍beta多样性结果内容及意义。
16s测序数据除了进行常规的Alpha多样性分析,Beta多样性分析,以及PCA分析之外,还能做什么?