微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

广受好评的微生物扩增子分析课程已经更新v2.0,主要更新内容如下:

  1. 使用最流行的工具qiime2分析扩增子数据
  2. 使用主流的基于降噪的方法生成feature-table,同时也兼容基于聚类的方法生成OTU table(内存限制)
  3. 物种分类注释数据库更新到最新,silva(138),greengene(2022_10),ITS(ver9)
  4. 物种差异比较新增数十种方法:ALDEx2 , DESeq2, edgeR ,limma.voom,metagenomeSeq,LinDA,Maaslin2,Lefser,t.test,ANNOVA等方法,总有一款适合你的数据
  5. 扩增子分析镜像版本升级,使用一个镜像完成所有分析:omicsclass/ampliseq:v2.0
  6. qiime2 更新到最新版本(2023.7)
  7. 其他软件更新到最新版本(faprotax,Lefse,PICRUSt2等)
  8. 绘图脚本美化更新升级等


镜像更新v2.0:

docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0
docker run -it -v ~/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0

视频课程链接如下:

https://bdtcd.xet.tech/s/qZRiF

attachments-2023-12-116jYr9O656eb38a95906.png



  • 发表于 2023-12-05 13:25
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  • 分类:宏基因组

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