2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了!

快来参加组学大讲堂直播课程,两天时间实现SCI自由! 我们使用关键词“genome wide gene family”粗略统计了近3年基因家族分析类SCI数量:2021年1912篇,2022年2111篇,2023年1890篇。 考虑到...

LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其中的假阳性LTR...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-04 14:29
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蛋白表达的影响因素及规避方法?

细胞作为生命的基本单位,必须利用其DNA中编码的信息来制造蛋白,因为蛋白对细胞结构至关重要,可以使细胞具有特定的形状和结构。根据中心法则,当DNA转录为RNA,RNA又被翻译成蛋白时,遗传信息则从DNA传递到RNA再到蛋白。那么影响蛋白表达的因素有哪些?又如何规避呢?

SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换(bedtovcf)

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

ggsci 的颜色可视化

ggsci提供了一系列高质量的调色板,让我们可以快速绘制出配色舒适的图,这些调色板的灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。但是这些调色板具体包含了哪些颜色呢?他们的16进制代码是什么呢?在这里,我们提供一种方法可以快速看到ggsci中各种调色板包含的颜色,便于大家随意取用与组合,使自己的图形更加美观。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-08-09 17:37
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Unicycler二代、三代混合组装

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-26 14:31
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CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-26 17:02
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下载AI字体

最近在使用AI软件对iTol生成的pdf文件进行修改。当AI导入文件后弹出提示窗口如下: “缺少字体。将使用替换字体显示受影响的文本。” 一般情况下可以忽略提示。 但这次的文件在忽略提示直接导...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-18 15:40
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《叶绿体基因组分析实操》课程更新

​叶绿体/质体是植物的重要细胞器,具有独立的基因组。自植物叶绿体基因组被发现以来,被广泛应用于植物系统进化关系研究、物种鉴定、叶绿体基因工程等方面。 同时叶绿体基因组分析作为一个优秀...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-12 15:42
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使用 mygene.info 获取基因注释信息

特简介 在生物信息学研究中,获取准确和全面的基因注释信息是至关重要的。mygene.info是一个提供全面、准确和最新基因注释信息的在线服务。该服务由Scripps研究所提供,并以RESTful API的形式...

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  • xun
  • 发布于 2023-09-12 15:56
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ftp链接登陆下载文件

我们进行文件下载的时候通常可以直接通过网页的download或者是服务器的wget命令,但是是一个需要登陆的ftp地址,这两个方法就不太适用了,本文提供给大家一些ftp地址的登陆方法。 1. 个人电...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-08 10:41
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微生物与环境因子,代谢物,功能等相关性分析linkET

微生物与环境因子,代谢物,功能等相关性分析linkET

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-19 08:20
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blast 中的e-value值如何理解?

对e-value值的by chance 进行解释

一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-13 10:56
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重组蛋白制备的基本步骤有哪些?

重组蛋白的产生是应用了重组DNA或重组RNA的技术从而获得的蛋白质。体外重组蛋白的生产主要包括四大系统:原核蛋白表达,哺乳动物细胞蛋白表达,酵母蛋白表达及昆虫细胞蛋白表达。生产的蛋白在活性和应用方法方面均有所不同。根据自身的下游运用选择合适的蛋白表达系统,提高表达成功率。

ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

ls 只列出部分目录或文件

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  • 星莓
  • 发布于 2023-09-13 14:36
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fuzzywuzzy模糊匹配和提取

fuzzywuzzy简单用法

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  • xun
  • 发布于 2023-09-05 16:29
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MarkDuplicates 过程中报错:Value was put into PairInfoMap more than once

RNA-seq分析进行SNP calling之前会对bam文件进行一系列处理,包括排序、去重、将落在外显子上的reads分离出来,取出N错误碱基,在去重(MarkDup)过程中出现报错: 是由于fq文件中出现了两次...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-12-08 14:33
  • 阅读 ( 445 )

如何设置服务器RAID

设置服务器RAID

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  • 安生水
  • 发布于 2023-07-19 09:55
  • 阅读 ( 444 )

csvtk,A powerful software for handling CSV files

CSVTK,即CSV工具包,是一个用于处理逗号分隔值(CSV)文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率,对于经常处理CSV文件的人来说,特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...

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  • xun
  • 发布于 2023-06-08 09:54
  • 阅读 ( 442 )