将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

如何将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示,而不是利用PS去拼图?

MEGA可以基于序列构建进化树,并显示进化树。借助GSDS可以把基因结构和进化树合并显示。MEME可以分析蛋白序列motif,获得的结果文件中就能显示motif结果,但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。

如何将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示,而不是利用PS去拼图?试了很多软件也没看到好用的?其实你用TBtools就可以了!

文件准备

下载最新版本的TBtools:https://github.com/CJ-Chen/TBtools
MEGA构建进化树的结果文件:nwk文件,提供进化树信息
相关基因的gff3文件或者gtf文件:提供这些基因的结构信息
MEME分析结果文件:meme.xml,提供对应基因蛋白序列的motif结构信息

导入数据与设置

打开软件,点击上方Others——BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 进入数据导入界面(见下图A)。绘制三图合一,只需要输入三个文件即可,分别对应nwk文件、gff3(gtf)文件和meme.xml文件,其他输入数据空置不动即可(见下图B)。

attachments-2018-08-iIim2dxR5b7e22f68d55c.jpg

而在数据导入之后,进行基础设置,包括显示颜色渐变、进化树bootstrap、图片大小等等进行选择。之后点击开始即可。

细节调整与文件保存

执行上一步数据导入和设置之后,可以获得初始结果(如下图),图片中各部分的位置大小等需要相应的调整。

attachments-2018-08-8MsdDREn5b7e23228187f.jpg

空间位置大小调节:单击选中对应的部分,譬如基因结构区域,之后长按此区域,进行左右拖动,并拖拽选定框红色位置进行整体大小调整(如下图A),其他区域的调整类似,例如调整之后可以获得下图B结果。

attachments-2018-08-Ha0ozmbM5b7e233a821ec.jpg

文本设置:文本部分右击,可以进行颜色修改等(见下图A),譬如修改填充颜色与文字颜色(见下图B),不过,从并未找到相应的文字大小调整的设置。

attachments-2018-08-nbJokKwZ5b7e23520b005.jpg

文件保存:选中界面下方Save Graph即可,之后在跳转窗口中选中保存格式即可。

其他

TBtools在结合基因结构和motif可视化方面操作非常简单,图片也相当漂亮。不过显示图片的图例顺序调整和文字调整方面还有一些困难,这些操作可能需要结合Ai等进行调整。如此可以获得一张合适的进化树、基因结构与motif结合的图片。值得期待的是TBtools的更新比较快,很多设置都在优化中,大家可以自己去试试哦。

attachments-2018-08-4oI2YpLv5b7e2361ef229.jpg好了就是这些。

  • 发表于 2020-05-25 14:55
  • 阅读 ( 2692 )
  • 分类:科研作图

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