MUMmer + SVMU : CNVs

MUMmer + SVMU : CNVs

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-08-28 11:47
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GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

解决办法:https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤,就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除,一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-15 10:23
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miRDeep2报错

miRDeep2报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-08-02 11:35
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绘制PCA图时,如何删除图例中图形符号下的字母?

在使用FactoMineR和factoextra包绘制PCA图时,如果图中每个样本显示样本名,那么该图的图例中,图形符号下面会有字母,如下图左;如果图中不显示样本名,那么图例符号下面就不会有字母,如下图...

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  • rzx
  • 发布于 2023-07-12 16:26
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VG 泛基因组call 变异

VG 泛基因组call 变异

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-08-29 12:09
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Linux里安装Maxquant

Linux里安装Maxquant

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  • 安生水
  • 发布于 2023-08-28 11:43
  • 阅读 ( 530 )

MNP标记设计中DP的计算方法

MNP标记设计中DP的算法

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  • 安生水
  • 发布于 2023-05-08 16:34
  • 阅读 ( 529 )

perl一些常用的路径获取模块

除了perl内置的变量如$0和使用正则表达式以及通配符外,perl还有一些方便简洁的模块能够对文件名和路径进行获取。

颜色相关网站推荐——颜色吸管工具,RGB与十六进制颜色码转换

平时我们经常有绘图的需求,推荐几个与颜色有关的好用网站

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  • 星莓
  • 发布于 2023-07-26 14:44
  • 阅读 ( 527 )

Orthology 定义

Orthology 定义

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  • 发布于 2023-08-14 17:46
  • 阅读 ( 524 )

diff比较两个文件的内容

diff比较两个文件的内容

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  • 安生水
  • 发布于 2023-11-28 11:21
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Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序

Linux常用命令shuf用于把输入行按随机顺序输出到标准输出。 具体用法如下: shuf命令会将final.bed文件中的所有行随机排序,-n选项设置显示前1000行。 常用参数有: 示例: 生成3个...

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-17 10:09
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Linux join命令合并文件

Linux join命令合并文件

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  • 安生水
  • 发布于 2023-10-30 14:37
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R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached

在运行R脚本的时候,出现报错,提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :  cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-29 13:37
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seqcluster软件安装

seqcluster软件安装

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-10 13:38
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ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-06-13 09:46
  • 阅读 ( 509 )

利用 NAS 对实验室数据进行存储备份

利用 NAS 对实验室数据进行存储备份

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-28 14:21
  • 阅读 ( 507 )

bam文件排序

通常进行SNP calling的之前我们需要对比对的bam文件进行排序、去重等工作,在这里介绍几种sort bam的方法。 1. 按照比对位置进行排序 sambamba比samtools快很多,samtools和sambamba默认按...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-12-27 11:05
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综合转录组学和代谢组学分析揭示了菜豆响应冷胁迫的关键调控网络

文章链接:https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-023-04094-1 一、实验样本准备 实验物种:冷敏感菜豆品种093和抗冷菜豆品种120材料处理:将所有菜豆种子在25° 日...

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  • rzx
  • 发布于 2023-05-12 16:05
  • 阅读 ( 503 )

sort -V | 对字符和数值组合的排序

sort命令有很多选项参数,其中-n选项可以对文件内容进行数字排序。但是当想排序的列是由字符和数字组成的时候,这个选项就不能达到想要的效果。 1.例如,对某个文件列进行排序: #cat 1.txt11...

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  • rzx
  • 发布于 2024-01-05 13:28
  • 阅读 ( 502 )