MUMmer + SVMU : CNVs
解决办法:https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤,就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除,一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...
miRDeep2报错
在使用FactoMineR和factoextra包绘制PCA图时,如果图中每个样本显示样本名,那么该图的图例中,图形符号下面会有字母,如下图左;如果图中不显示样本名,那么图例符号下面就不会有字母,如下图...
VG 泛基因组call 变异
Linux里安装Maxquant
MNP标记设计中DP的算法
除了perl内置的变量如$0和使用正则表达式以及通配符外,perl还有一些方便简洁的模块能够对文件名和路径进行获取。
平时我们经常有绘图的需求,推荐几个与颜色有关的好用网站
Orthology 定义
diff比较两个文件的内容
Linux常用命令shuf用于把输入行按随机顺序输出到标准输出。 具体用法如下: shuf命令会将final.bed文件中的所有行随机排序,-n选项设置显示前1000行。 常用参数有: 示例: 生成3个...
Linux join命令合并文件
在运行R脚本的时候,出现报错,提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi...
seqcluster软件安装
ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释
利用 NAS 对实验室数据进行存储备份
通常进行SNP calling的之前我们需要对比对的bam文件进行排序、去重等工作,在这里介绍几种sort bam的方法。 1. 按照比对位置进行排序 sambamba比samtools快很多,samtools和sambamba默认按...
文章链接:https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-023-04094-1 一、实验样本准备 实验物种:冷敏感菜豆品种093和抗冷菜豆品种120材料处理:将所有菜豆种子在25° 日...
sort命令有很多选项参数,其中-n选项可以对文件内容进行数字排序。但是当想排序的列是由字符和数字组成的时候,这个选项就不能达到想要的效果。 1.例如,对某个文件列进行排序: #cat 1.txt11...