软件工具 - 文章 - 组学大讲堂问答社区

htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈新版的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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xun
发布于 13小时前
阅读 ( 16 )

NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

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Ti Amo
发布于 1天前
阅读 ( 27 )

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

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安生水
发布于 2024-04-01 11:36
阅读 ( 216 )

GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

报错在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错：报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。出现报错的原因： 1. javac与java版本...

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Ti Amo
发布于 2024-03-25 11:54
阅读 ( 260 )

windows安装Aspera Connect软件

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安生水
发布于 2024-03-22 17:29
阅读 ( 201 )

在Windows系统中安装并使用seqkit工具

seqkit软件介绍： Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。下载链接：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式： 1. 点...

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rzx
发布于 2024-03-19 17:01
阅读 ( 214 )

bcftools创建vcf索引失败

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安生水
发布于 2024-03-18 13:44
阅读 ( 144 )

GFF或GTF格式转bed

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安生水
发布于 2024-03-14 14:02
阅读 ( 169 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...

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rzx
发布于 2024-03-11 18:13
阅读 ( 205 )

HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...

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rzx
发布于 2024-03-07 10:12
阅读 ( 201 )

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

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安生水
发布于 2024-02-22 17:33
阅读 ( 412 )

vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

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xun
发布于 2024-02-02 14:24
阅读 ( 474 )

lnd无法下载样本名称含有+的数据

linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件，其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出： https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生该软件在遇到...

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Ti Amo
发布于 2024-01-31 10:52
阅读 ( 418 )

代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

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安生水
发布于 2024-01-30 17:59
阅读 ( 911 )

CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

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xun
发布于 2024-01-26 17:02
阅读 ( 523 )

rMATS turbo使用

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安生水
发布于 2024-01-17 11:30
阅读 ( 614 )

如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇

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星莓
发布于 2024-01-11 14:09
阅读 ( 1688 )

seqcluster软件安装

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安生水
发布于 2024-01-10 13:38
阅读 ( 562 )

超快的文件传输软件trzsz

对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...

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xun
发布于 2024-01-09 10:56
阅读 ( 461 )

LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...

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Ti Amo
发布于 2024-01-04 14:29
阅读 ( 591 )