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黄老师，怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记，有没有这方面的脚本可供学习

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如何将基因组序列里的简并碱基变成N或者保留其中一种?

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黄老师，我已获得BSA流程过滤后的snp的vcf文件，然后怎么利用这个文件绘制全部染色体的SNP-index的曼哈顿图

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我在用snpeff进行snp注释的时候，发现出现如下错误java.lang.RuntimeException: Error reading file '/home

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15 GATK中call SNP出来的SNP里面的ALT列出现 * 星号啥意思？

  • 2020-02-25 11:05
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15 GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

  • 2020-02-24 16:52
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你好，腾讯云服务器里面的学生购买的的那个，可以用来进行重测序数据的比对以及SNPcalling等的数据分析吗

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SNPcalling的方式有samtools结合bcftools，或者bcftools，或者gatk，三者之间有什么区别，那种方式更好一些

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我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时，运行命令后，并没有生成去除重复reads后的bam文件，请问是什么原因？

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BSA分析算法中利用ED算法进行分析，发现没有计算出来初定位的区间

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用bwa 进行比对时，用的是重测序的去了接头的clean data 吧，只需要参考基因组的全基因序列吧，不需要gff注释 文件之类的吧！

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请问老师，9个g 的重测序数据能不能用自己电脑的linux 系统进行分析啊，进行snp 变异检测！！！

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如何将不同样品SNP整合及过滤？

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老师，有没有关于基因定位的一系列课程，初步接触，想了解了解大体过程

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我做了重测序，进行了变异检测，有没有相关类型的文章可以借鉴借鉴！

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老师我做了三对黄黑仔的二代重测序，然后做了变异性检测，我没有这类相关的文章可以借鉴借鉴！

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老师，我测了三对黄仔和黑籽亲本的重测序，进行了snp变异位点的分析，接下来怎样分析能找到跟黄籽相关联的snp位点！！

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请问R/QTL这个包可以用来做果树群体的qtl定位吗？

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我下载了你们课程里的linux，可以用自己的电脑进行bwa基因组比对嘛？自己的电脑可以完成不，

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请问进行基因组比对BWA软件如何安装